政府如何引导社会组织健康发展是提高环保工作水平的重要保障，这已在世界各国间达成共识。因此，进一步创新政府管理机制，保证政府与社会组织顺利合作就成为今后我国政府、社会组织必须面对的现实问题。这不仅关乎政府、社会组织的共强发展，更影响着环境问题的有效解决。
近年来，环境问题已经成为中国发展中的热点，不仅关乎民众的生活质量，更关乎国家的长远战略。统计显示，截止2013年，中国的环保民间组织已有6000多家，并在不同层面上开展着各自的环保民间志愿活动。这一方面体现了环境保护、人人有责的民众参与热情，另一方面，也彰显了社会力量在环保工作中所处的重要地位。
面对数量庞大的社会组织，政府只有科学的设计管理制度，有效的指导调节，才能更好地促进其发挥作用。不论是购买服务还是合同外包，政府服务职能转移的实践已初见成效。可以预见，建立公开、公正、有效的职能代理机制，是实现政府职能向社会组织转移的明智之举，也将进一步提高我国公共服务领域的整体水平。
以针对性立法完善制度建设
在西方国家环保工作中，对社会组织及其政府管理制定了完备的法律，这就从制度上为职能代理的规范化提供了坚实的基础。因此，在管理内容上，首先应当改变目前中国对于环保社会组织管理只依靠行政法规的现状。法规组合容易出现各部门、各地区政府部门及社会组织各自为政、多头领导，容易出现权限模糊以及权力真空。而法律体系意味着制度建设的系统性，科学化，是社会组织进一步发展的必要保证。
以目标备案制确立准入条件
在西方发达国家中，对社会组织管理非常严格，但并不是在“入口”上，而是从税务等方面进行专项管理。在准入上，社会组织只需符合法(律)定条件，就可以到地方政府部门或司法部门办理备案登记手续，受理单位非经法定事由不能拒绝社会组织的成立申请。
相比之下，目前中国社会组织的准入制度遵循行政准入制度，以“严进严出”为基本原则，在组织申请条件、组织年检、报告等具体管理制度上相对比较严格，这在很大程度上束缚了大量基层社会组织的发展，而这类组织所从事的环保工作正是政府需要社会组织参与的重点区域。
因此，强调政府在社会组织准入上的管理效率，适当保持制度的弹性，对于部分确实有较大影响、范围较广泛的大型社会组织，政府应当把好关，谨防这些组织利用体制的漏洞牟取非法利益，造成公共资源的巨大损失。同时，对于一些基层的服务类社会组织，由于其所从事工作的特点，一般没有必要设立和大型社会组织一样苛刻的条件，可以考虑试行备案制，适当放宽社会组织成立的政府限制，这样可以减轻政府管理的负担，为政府与社会组织的职能代理打下坚实的社会基础。
以网络化意见综合确立沟通机制
西方国家的政府和环保组织间有稳定的沟通渠道，其中，环保职能部门的主要领导人定期都会与主要环保组织的领导人会晤。相比之下，国内环保组织在很多环保问题上已经具备了一定的技术分析和数据处理能力，也能够汇集一定的民众意愿，但是这些有价值的信息却由于各种原因难以及时有效地进入政府决策过程。这种滞后性一方面会降低决策的有效性，更可能激化矛盾，例如“怒江事件”和“厦门PX事件”。因此，政府应该建立环保组织“白名单”，主动和这些组织定期联系，给他们一个表达意见的渠道。
在这方面，国内已经有了一定的尝试。例如，2010年环境保护部出台了《关于培育引导环保社会组织有序发展的指导意见》，明确了培育引导环保社会组织的基本原则和总体目标，即积极扶持、加快发展，加强沟通、深化合作，依法管理、规范引导，积极培育与扶持环保社会组织健康、有序发展。
为此，环境保护部要求各地制定培育扶持环保社会组织的发展规划；拓展环保社会组织的活动与发展空间；建立政府与环保社会组织之间的沟通、协调与合作机制；奖励表彰优秀的环保社会组织与个人；加强人才队伍建设；加强规范引导，促进环保社会组织的自律；促进环保社会组织的国际交流与合作等。
以分类规范确定管理机制
环保组织是个大而化之的概念，在具体管理中，不同类型的环保公益项目、组织需要不同的引导措施，这要求政府部门能够针对性地进行分类监管。但目前更强调的是通过多政府职能部门来实现分级统筹管理。目前，这种逐级推进的管理体制对发挥环保组织的能动性造成了一定的困难，在不同层级的政府管理部门难以一直跟踪监测，容易造成公益资源监管的断层，同时，多层管理也容易加大政府管理的成本。
具体来说，环保组织需要与相应行政级别的政府部门结成业务管理的关系。这种关系对环保组织的发展造成了两种直接的影响：一方面，环保组织与主管单位要保持一致；另一方面，环保组织的级别也与主管单位的行政级别存在密切的关联。可见，双重分级管理模式使公益社团与政府部门形成了职能关联与级别关联，这两种关联的结合决定了环保组织发展与政府管理体制之间存在错综复杂的利益关系。因此，这种以往的双重分级管理会导致环保组织总体上管理的被动化，并导致环保组织对政府的单向服从关系。
为此，对环保组织进行分类管理具有更为重要的积极意义，既可以满足不同环保组织的实际需要，又可以增强环保组织的能动性，变“管制”为“引导”，实现两者关系的规范化。
以目标管理确立监督机制
政府引导环保组织，目的在于提高环保工作的水平，可以说，政府对环保组织的引导实质上就是让环保组织以社会化的方式实现公共利益的过程，因此，包括政府、民众在内的广大相关主体，都有权力监督环保组织的项目执行。目前，大部分国家都对本国社会组织设立了严格的监督制度。国家权力机关、新闻媒体、普通民众在内的广大社会主体都在不同程度上享有对社会组织的监督权。
其中，政府是环保组织最为直接和主要的监督主体。西方国家的经验表明，政府的监管更多的是“合目的性”的管理，只对环保组织触犯法律规定的行为进行纠正，对于其他行为，只要该行为符合当初委托的公益目的，政府并不进行干涉。政府对环保组织进行的目标管理在很大程度上促进了社会组织在工作上的积极性、创造性，同时也降低了政府的管理成本。因此，针对中国环保组织承担政府项目的全过程，建立一套完善的监督体系是十分必要的。
借鉴西方的监督管理经验，对社会组织进行目标性的预防和制约，具体包括项目管理、评估体系、监督模式等三个方面。通过多元监督模式的建立，既加强了组织作为受托方的责任意识，完善了组织内部的自律机制，同时又有效地配合了政府部门、社会各界的外部监督，保证了整个职能代理机制健康地发展。
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