问题的由来
    法是以权利义务为核心内容的，而具体的权利和义务总是归属于特定法律关系的主体。税法亦是如此， 其主要内容表现为征纳双方权利义务的配置，但又不仅仅于此，参与税收法律关系的除了征纳双方以外， 还有大量承担协作功能的主体（比如金融机构、中介服务机构和公安、工商、房管、边检等行政管理部门）， 它们和税务机关之间也存在着权责配置问题。但我们可以发现一个有意思的现象：除了对银行之类具备行政管理相对人身份的主体直接设定了法律责任以外， 对于其他公共职能部门，税法只是提出了协助的要求， 并没有配套明确的职责。《税收征收管理法》第一章《总则》的第五条规定：“……地方各级人民政府应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务……”这部法律或许无意建立起某种行政部门间统一的税收协作制度，而是交由地方政府去把握，这也是不少地方政府出台有关税收保障方面法律文件的原因之一。
    但这种局面，在环境保护税的立法上, 有了很大改善。《环境保护税法》总计二十八条，作为单行税法， 它专设了“征收管理”一章，其中就有七个法条涉及到环境保护税征收管理过程中的政府部门协作。《环境保护税法实施条例》（以下简称《实施条例》）全文二十六条，多达十个法条是有关政府部门协作的规定。这两个法律文件虽然在部门关系上使用的措辞是诸如“分工协作”（《环境保护税法》第十四条第三款）、“工作配合”（《环境保护税法》第十五条第一款）、“会同”（《环境保护税法》第二十一条）之类内涵不太确切的用语，但还是一改常例，在税法中直接规定了生态环境主管部门的具体职责。不过，从法理上讲， 这些职责都只涉及第一性的义务，并不涉及第二性义务即法律责任。也就是说，这两个法律文件只是规定了生态环境主管部门的职责事项，但对于消极或者错误履行职责该如何承担责任，并没有明确。虽然《环境保护税法》第二十三条规定：“纳税人和税务机关、环境保护主管部门及其工作人员违反本法规定的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》《中华人民共和国环境保护法》和有关法律法规的规定追究法律责任。” 但是，这一条中明确提到的两个显名法律文件其实并没有涉及环境保护税行政协作条件下相关主体责任归属的规定。或许正因为前面的困惑，《环境保护税法》第十四条第一款规定的“环境保护税由税务机关依照《中华人民共和国税收征收管理法》和本法的有关规定征收管理” 就造成了税务机关在环境保护税的征管上是唯一的责任的印象。
    这种看法，或许可以商榷。

生态环境主管部门的角色定位
    首先，在环境保护税的征管上强调生态环境主管部门的参与，一方面是因为税务机关缺乏对作为环境保护税计税依据的排污量的判断能力，另一方面，也是从行政权彼此尊重的角度出发，税务机关在环境保护税的征管过程中不需要、也不能够对生态环境主管部门依职权作出的有关排污量的专业认定平添质疑。所以，必须让生态环境主管部门参与到环境保护税征管的法律关系中来，实现排污量统一且专业化的认定， 这不仅可以避免执法资源的浪费，也能够维护课税的正当性。生态环境主管部门对排污量的认定，一般认为是行政法上的特定法律行为，即行政确认，税务机关在此基础上再进一步实现纳税义务的确认。那么， 参与这个过程的主体，无论是税务机关还是生态环境主管部门，在相应的法律责任上，都不应当缺席，而且需要妥善配置。
    其次，在环境保护税的征管上，《环境保护税法》对生态环境主管部门的职责有专款的规定。比如，该法第十四条第二款规定，“环境保护主管部门依照本法和有关环境保护法律法规的规定负责对污染物的监测管理”；又如，第十五条第二款规定 ，“环境保护主管部门应当将排污单位的排污许可、污染物排放数据、环境违法和受行政处罚情况等环境保护相关信息， 定期交送税务机关。”《实施条例》的第十五条、第二十条则是专条规定了生态环境主管部门的职权。这已经不是某种导向性的工作期许，而是通过税法对协作框架下的生态环境主管部门特别进行的具体职权设定了。或者说，生态环境主管部门虽然不直接承担环境保护税的征收管理，但存在着基于该部法律文件而需要履行的工作职责。既然如此，从权利义务对应的角度来说，就应当存在着基于上述职责而对应的法律责任。
    最后，在环境保护税计税依据的认定上，生态环境主管部门是种实质上的参与，这种参与甚至是税务部门执法的前提。《环境保护税法》第二十条第二款规定：“税务机关发现纳税人的纳税申报数据资料异常或者纳税人未按照规定期限办理纳税申报的，可以提请环境保护主管部门进行复核，环境保护主管部门应当自收到税务机关的数据资料之日起十五日内向税务机关出具复核意见。税务机关应当按照环境保护主管部门复核的数据资料调整纳税人的应纳税额。”《实施条例》第十九条第一款规定：“税务机关应当依据环境保护主管部门交送的排污单位信息进行纳税人识别”；第二十一条规定：“纳税人申报的污染物排放数据与环境保护主管部门交送的相关数据不一致的， 按照环境保护主管部门交送的数据确定应税污染物的计税依据。”这基本上没有为税务机关对计税依据的独立判断留有余地。值得注意的是，生态环境主管部门对排污量的认定，不仅是个课税事实认定的过程， 也是个法律适用的过程，所适用的依据不仅包括《环境保护税法》及其《实施条例》，还要跨部门适用环境保护方面的法律规定。比如根据《环境保护税法》第十条计算排污量时，判断纳税人安装使用的污染物自动监测设备是否符合国家规定和监测规范，纳税人未安装使用污染物自动监测设备时判断监测机构出具的监测数据是否符合国家有关规定和监测规范等，都需要生态环境主管部门的法律适用。